A UMZ estrutura-se em unidades orgânicas, unidades organizacionais e serviços, cujas atividades visam contribuir para a prossecução das orientações estratégicas definidas pelos órgãos de gestão da Universidade, no respeito pelo seu projeto educativo, científico e cultural, mediante a unidade e eficácia de atuação.
- Departamento de Ciências e Tecnologia
- Departamento de Ciências Sociais e de Gestão
- Departamento de Educação e Ensino a Distância
- Unidade para a Aprendizagem ao Longo da Vida
- Centros Locais de Aprendizagem
- Serviços Académicos
- Serviços de Documentação
- Serviços de Gestão
- Serviços de Produção Digital
- Serviços de Suporte Tecnológico ao Ensino
- Gabinete de Comunicação e de Relações Internacionais
- Gabinete de Gestão Académica e Curricular
- Gabinete de Planeamento, Avaliação e Qualidade
- Gabinete Jurídico